L'intérêt de la collaboration libérale est qu'elle permet à un jeune médecin de ne pas s'installer immédiatement et donc de tester son projet et au médecin qui engage un jeune collaborateur, de se décharger d'un surcroît de travail et/ou de préparer une association ou un départ. 

A la différence du remplacement, il faut être inscrit au tableau pour être collaborateur libéral, ce qui exclut les étudiants. Le médecin collaborateur peut d'ailleurs lui-même se faire remplacer. En outre, médecin collaborant et médecin collaborateur peuvent exercer en même temps alors que la conclusion d'un contrat de remplacement exclut l'activité du médecin remplacé pendant la durée du remplacement. 

Comme tous les contrats, le contrat de collaboration devra être communiqué au Conseil départemental de l’Ordre dans le mois qui suit sa conclusion (CSP art. L 4113-9).

Il est important, pour le médecin installé,  d'étudier l'opportunité de la collaboration libérale en fonction de son projet de cabinet et de ses besoins spécifiques (par rapport au recours à la collaboration salariée ou au remplacement notamment) dans la mesure où ce mode d'exercice, s'il présente des avantages, n'est pas exempt d'inconvénients.

En effet, la collaboration libérale a pour but de permettre au collaborateur de développer progressivement une patientèle tout en soignant également celle du médecin installé avec lequel il est lié par le contrat de collaboration. C'est donc aussi pour lui une période qui permet de compléter sa formation par une expérience pratique, avant de décider de la manière dont il va exercer. Cela peut également être une phase préalable à une association avec le praticien collaborant.

L'un des avantages de ce contrat est la flexibilité (possible cumul de plusieurs collaborations dans des cabinets médicaux différents, sous réserve d’une compatibilité des périodes d’exercice et du respect des règles de déontologie médicale (CSP art. R 4127-85)) et, pour le collaborateur, l’absence de frais d’installation.

Dans le cadre de ce contrat, le collaborateur libéral exerce la profession en toute indépendance et perçoit l’intégralité des honoraires correspondant aux actes médicaux qu'il accomplit et côte sous son nom (art. 18, II de la loi 2005-882 du 02.08.2005 en faveur des PME). Le collaborateur libéral dispose de ses propres ordonnances et peut demander à avoir sa plaque professionnelle apposée sur les locaux.

Le patient choisira évidemment librement son médecin.

Il n’y a pas de lien de subordination (CSP art. R 4127-87). Le dernier alinéa de l’article L 4113-9 du Code de la santé publique (CSP) prévoit en effet que « les dispositions contractuelles incompatibles avec les règles de la profession ou susceptibles de priver les contractants de leur indépendance professionnelle les rendent passibles de sanctions disciplinaires prévues à l’article L. 4124-6 du code de la santé publique » . Ces sanctions sont respectivement l’avertissement, le blâme, l’interdiction temporaire d’exercer et la radiation du tableau de l’Ordre.

Le contrat de collaboration libérale est plutôt encouragé par l’Ordre qui y voit plusieurs intérêts, notamment, l’accès à un premier emploi pour un jeune diplômé, la préparation d’une succession du médecin titulaire, l’intégration progressive d’un jeune diplômé dans une structure d’exercice en groupe, un complément à une activité à temps partiel, un cumul emploi-retraite si le collaborant est en fin d’exercice, le développement d’une patientèle, la possibilité de tester une zone géographique peu attractive, de combiner l’exercice d’une activité salariée et libérale ou encore une manière de libérer du temps pour convenance personnelle.

Le collaborateur libéral cotise pour son propre compte auprès de tous les organismes sociaux (URSSAF, CARMF, assurance maladie) et doit s'assurer car c'est lui qui est responsable de ses actes professionnels.

Il verse une redevance de collaboration au médecin avec lequel il travaille, qui est versée au praticien titulaire en contrepartie de la mise à sa disposition des locaux équipés, d’un éventuel secrétariat, du matériel nécessaire à l’exercice de la profession, du libre accès aux dossiers des patients et, éventuellement, d’une partie de la patientèle (BOI-BNC-SECT-70-30 nos 1 et 20). Cette redevance devra être justifiée par les services rendus par le médecin collaborant.

La collaboration libérale présente ainsi un inconvénient fiscal important : si les activités de soins sont normalement des activités économiques exonérées du champ d’application de la TVA, la rétrocession des honoraires et la rétribution des moyens et du personnel mis à la disposition du collaborateur, c'est-à-dire la redevance de collaboration payée par le collaborateur au titulaire du cabinet, a été analysée par l’administration fiscale comme le versement d’un loyer, ce qui a été confirmé par le Conseil d’Etat et a pour conséquence l’assujettissement de ces redevances versées par le collaborateur au collaborant à la TVA sauf si la rétrocession annuelle est inférieure à inférieure à 34 400 € annuels, auquel cas, elle bénéfice d’une franchise de TVA

Cette disposition explique que peu de médecins aient recours à la collaboration libérale car elle entraine cet inconvénient majeur d'assujettissement à la TVA des redevances de collaboration versées par les collaborateurs aux médecins installés au-delà du seuil de 34 400 € annuels, ce qui équivaut à une perte sèche de 20 % du montant des sommes versées entre médecins.

Au titre de ces redevances, les médecins titulaires doivent, de leur côté, collecter cette TVA, la déclarer, et la reverser au Trésor public, ce qui fait peser sur eux une tâche comptable et administrative supplémentaire.

Cet inconvénient majeur explique que le recours à la collaboration libérale soit peu fréquent chez les médecins, alors qu’il est très pratiqué chez les autres professionnels libéraux pour lesquels la posture est inversée : le cabinet perçoit les honoraires et le collaborateur perçoit une rétrocession partielle desdits honoraires